タイトル通りですが、Gitクローンをしたばかりの状態なのに
TortoiseGitで確認するとビックリマーク表示となっている場合の対処法です。
現象
クローンした直後にファイルを確認すると、ビックリマークが表示されていました。
（下図の２番目の状態です。）
チェックアイコン（差分が無い場合）
ビックリマークアイコン（差分がある場合）
アイコンがビックリマークとなっているということは、Gitリポジトリ上のファイルとローカルのファイルに差があるということです。
しかし、クローン直後なので差があるはずもなく
？？となってしまいましたが、試行錯誤して原因がわかりました。
原因
結論から言うと、クローンにTortoiseGitを使っていなかったからです。
クローンはコマンドプロンプトからgit cloneを実行して、 クローンしたソースを表示する時にはTortoiseGitを使用していました。
つまりGitコマンドを異なるアプリ（コマンドプロンプトとTortoiseGit）から実行していたため、不整合がおきたようです。
まとめ
結論としてGitを使うときは、常に同じアプリ（環境）で操作することが重要です。
（今回の場合はコマンドプロンプトとTortoiseGitを混在させた事が原因です）
このような場合でも大抵は問題ないのですが、稀に表題のような現象が発生するようです。
Git管理にTortoiseGitを使うのであれば、クローンをする時からTortoiseGitを使ってクローンをする必要があるということです。
今回ハマった経験が、みなさんのお役に立てたら幸いです。
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